Die Autonomen sind aus der Tradition bestimmter Teile der APO während der Studentenbewegung Ende der 1960er Jahre hervorgegangen. Die Neue Linke, die so genannte "Spontibewegung" und Aktionen der "Spaßguerilla ", beispielsweise von Mitgliedern der Kommune 1 in Westberlin übten einen wesentlichen Einfluss auf Inhalte und Aktionen der deutschen Autonomen aus.

In den 1970er Jahren waren es vor allem auch Autonome, die in dem Ruf standen, linksterroristische Gruppen wie die RAF, die Bewegung 2.06 und besonders die Revolutionäre Zellen (RZ) u.a. zu unterstützen oder mit ihnen zu sympathisieren.

Zwischen den 1970er und 1990er Jahren bis in die Gegenwart nahmen und nehmen autonome Gruppen häufig an Demonstrationen und Aktionen der neuen Sozialen Bewegungen teil, beispielsweise der Friedensbewegung oder der Anti Atomkraft-Bewegung. Massiver beteiligt waren sie zu dem Beispiel unter anderem an den Auseinandersetzungen und dem Widerstand gegen das Atomkraftwerk Brokdorf um 1981, die geplante Wiederaufbereitungsanlage in Wackersdorf bis 1986, gegen den Bau der Startbahn West in Frankfurt am Main in den 1980er Jahren. Bis in die Gegenwart beteiligen sich auch viele Autonome an den Aktionen zur Behinderung der Castor-Transporte aus der französischen Wiederaufbereitungsanlage in La Hague in das deutsche Endlager in Gorleben.

Je nach Absichtsetzung und Inhalt der Aktionen sind Autonome von den Organisatoren der jeweiligen Demonstrationen und Aktionen mal willkommen und mal unerwünscht. Umstritten ist die Militanz der Autonomen bzw. deren Bereitschaft, je nach Eskalationsphase einer Demonstration oder einer anderen politischen Aktion auch Gewalt, etwa in Form von Wurfgeschossen (Molotow-Cocktails, Anwendung von Zwillen u.a.) oder Rangeleien usw. gegen ihre Gegner, gegebenenfalls auch gegen die polizeiliche Staatsgewalt, anzuwenden.

Um nicht erkannt zu werden, treten Mitglieder der autonomen Gruppen stets wieder geballt in Teilgruppen und vermummt als so genannter Schwarzer Block (wegen der bevorzugten schwarzen Kleidung) bei Demonstrationen auf. Dieses Verhalten stellt sich als Reaktion gegenüber polizeilicher Gewalt dar. Das Auftreten in geschlossenen Reihen und nach außen abgesichertem Block setzte sich als Schutz gegen Polizeigewalt und willkürliche Festnahmen durch, seitdem Helm, Schienenbeinschoner, Brille, Atemmaske usw. als Schutz vor Einsatzmitteln der Polizei vom Gesetzgeber als "passive Bewaffnung " bei politischen Demonstrationen verboten wurden. Das uniforme schwarze Auftreten erschwert es der Polizei, einzelne Personen wieder zu erkennen.

Schwerpunktmässig von den Autonomen besetzte Aktionsfelder bilden in der neueren Gegenwart vor allem die Hausbesetzerbewegung mit Besetzungen leerstehender ungenutzter Wohnräume (Beispiel Hafenstraße in Hamburg), Aktionen gegen Aktivitäten von alten und neuen Nazis (Antifa) sowie Solidarisierungsaktionen mit Immigranten und politisch Verfolgten, die in Europa Asyl suchen (vgl. auch: Antirassismus).

Seit 2 Tausend / 2001 (Beginn der 2.Intifada in Israel / Palästina und Terroranschläge des 11. September) zeigen sich Spaltungstendenzen in der autonomen Szene. Die zwei gegensätzlichen Pole werden als "Antideutsche" bzw. "Antiimps" (Kurzform für Antiimperialisten) genannt. Die Spaltung entzündete sich an der Debatte um innerlinken Antisemitismus und die Positionierung in dem Nahostkonflikt bzw. der Bewertung des 3. Golfkriegs. Das antideutsche Lager tritt dabei für unbedingte Solidarität mit Israel ein und bewertet meist auch die Außenpolitik der Vereinigte Staaten Amerika positiv, die "Anti-Imps" betrachten die Politik Israels und der Vereinigte Staaten Amerika als imperialistisch und verbrecherisch. Die Positionen sind dabei beiderseits äußerst verhärtet, so das es des öfteren zu körperlichen Auseinandersetzungen kommt.

Zu den am meisten diskutierten Inhalten in Autonomen Gruppen gehören die Frage von Selbstbestimmtheit und Militanz .

Im Verständnis der Autonomen sei es dabei nicht möglich, letztlich autonom, d. h. selbstständig in dem Sinn von selbstbestimmt, und unabhängig zu sein. Jeder Mensch lebe in einem Geflecht von Abhängigkeiten, was für ein soziales Wesen auch normal sei. Das Hauptaugenmerk liege auf der Frage, inwieweit diese Abhängigkeiten fremd- oder selbstbestimmt seien, wobei angestrebt wird, möglichst ohne Fremdbestimmung leben zu können. Militanz wird in den Autonomen Gruppen in dem Wortsinn als "kämpferisch", nicht als "militärisch" verstanden. Gewalt als Selbstzweck oder als inhaltsleeres Ritual wird abgelehnt. Das Gewaltmonopol des Staates wird jedoch ebenso verneint.

Ziele militanter Aktionen waren und sind neben den beschriebenen Aktionsfeldern auch Sexshops, Veranstalter von Sextourismus und ähnlichem (Sexismus), Ausländerbehörden (Rassismus), Schulungszentren und Treffpunkte von Nazis (Faschismus und Neofaschismus) oder auch einzelne Betriebe, die sich durch einen besonders ausbeuterischen Umgang mit Angestellten und/oder der Natur einen Namen machten (Kapitalismus). Seit Durchsetzung der Hartz-Reformen mehren sich auch Anschläge auf Arbeitsämter.

Zu den theoretischen Grundlagen der Autonomen zählt die "triple oppression" (Beschrieben in "Drei zu eins" von Klaus Viehmann). Diese verwirft das Bild sozialistischer und kommunistischer Klassiker, nach denen in dem Kapitalismus der Hauptwiderspruch liege, und für die andere Formen von Ausbeutung und Unterdrückung wie Rassismus und Sexismus ca. Nebenwidersprüche darstellten. Vielmehr sei jeder Mensch Teil eines Netzes aus allen drei Gewaltformen die sich nur, je nach Lebenssituation, unterschiedlich stark ausprägen.

Ab Anfang der 1980er Jahre übte die aufkommende subkulturelle Punkbewegung mit einer Lebensstil- und Musikrichtung, die sich gegen die kommerzialisierte Rock- und Popmusik ebenso wie gegen konventionelle Mode und Lebensstilrichtungen wandte, einen prägenden Kulturellen Einfluss auf große Teile vor allem der noch relativ jungen Autonomen aus. Allerdings gab es stets auch Interessenskonflikte zwischen Punks und den von ihnen so genannten "Automaten". Während in vielen Autonomen Zusammenhängen auch theoretische und ihnhaltliche Diskurse anstehen, gelten Punks als eher theoriefeindlich. Während Autonome in der Regel Wert auf eine gewisse Disziplin legen (z.B. kein Alkohol bei Aktionen und Demonstrationen, keine sinnlose Gewalt, keine Duldung sexistischen Verhaltens ...), gelten Punks häufig als undiszipliniert und unkalkulierbar.

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